Tras la exclaustración de los frailes jerónimos en 1835, el edificio se subastó en diciembre de 1844 y fue «tasado en 1.240.000 reales y que nadie compra».

Así pues, no habiéndose encontrado postor para este monumental inmueble, se cedió al Obispado de Cartagena, realizándose en él las primeras obras de restauración, promovidas por el obispo D. Francisco Landeira Sevilla (1861-1876), quien mediante suscripción entre el clero de la Diócesis, y él mismo, logró «poner a cubierto de su total destrucción el templo y monasterio de San Jerónimo». Todo ello antes del establecimiento en él de la Compañía de Jesús, que realizó el obispo D. Mariano Alguacil (1876-1884), el día 1 de enero de 1878.

Tras diversos usos y avatares, noviciado, colegio de primeras letras, escuela de formación profesional, hospital, manicomio, lazareto, cuartel del ejército de aviación, lugar de retiro espiritual, y algún otro más, que sin dudarlo afectaron a lo anteriormente construido, quedó la edificación al cuidado de las Hermanas Esclavas de Cristo, hasta su marcha a un nuevo convento en el año 1993.

En el año 1981 se declaró monumento histórico-artístico de carácter nacional la iglesia y monasterio de San Pedro, conocido como «Los Jerónimos», en Murcia.

Por encargo de la Dirección General de Bellas Artes, en el año 1984, se redactó el proyecto de: «Restauración del Monasterio de los Jerónimos en La Ñora», en el que se abordó la intervención en la cubierta de la iglesia y una de sus torres, así como en los paramentos exteriores de la iglesia, que si bien en proyecto figuraban parcialmente revestidos, y se proyectaba su restitución, durante el transcurso de las obras se autorizó la supresión de los restos de revestimientos, quedando los paramentos como hoy se muestran. No se proyectó intervención en los claustros.

Tras el derrumbe de algunas bóvedas del claustro, en el año 1986 se realizó el proyecto de: «Restauración en el Claustro del Monasterio de los Jerónimos», en el que se trató el refuerzo estructural de las cubiertas de las pandas del claustro procesional.

En el año 1996 el Obispado de Cartagena, regido por D. Javier Azagra, cedió la edificación a la Fundación Universitaria San Antonio, para la ubicación en ella de la Universidad Católica del mismo nombre, a la que encomendó su gobierno y gestión.

Por encargo de la citada fundación, en el año 1997 se realizó el proyecto de: «Acondicionamiento Monasterio Jerónimos para sede Universidad»; y en el año 2001, el proyecto de: «Restauración de fachadas e iglesia del Monasterio de los Jerónimos».

Como resultado de ambos proyectos se llevaron a cabo importantes obras en la iglesia y claustros, entre las que destacamos por su valor restaurador del patrimonio las siguientes: Consolidación estructural, y retejado de cubiertas, de iglesia y claustros, con sustitución de sus estructuras portantes dañadas y elementos de cubrición.

• Reconstrucción estructural de la cúpula y cupulino, así como de las agujas de este último y de las torres.
• Recuperación de las ocultas hornacinas en muros de las capillas de la iglesia, completando sus pinturas originales.
• Reconstrucción de la techumbre de la Sala Capitular, reproduciendo la parte arruinada en base a los restos existentes.
• Restauración de carpinterías de madera y cerrajerías de forja en interior de iglesia.
• Restauración de figuras en altorrelieve, y formas tectónicas y vegetales en pechinas, tambor, cúpula y linterna, así como en capiteles, modillones, arquitrabes y cornisas.
• Restauración de molduras y pinturas en paramentos de muros, cúpula, bóvedas, arcos, fustes de pilastras, capiteles, arquitrabes, frisos y cornisamentos.
• Restauración de molduras y pinturas en la decoración de los contornos de huecos de iluminación, como lunetos, ventanas del tambor y linterna; así como de balcones de tribunas.
• Restauración del retablo, y paramentos del presbiterio, capillas absidiales y coro.

A pesar de ser San Pedro de la Ñora un monasterio construido con materiales pobres, gracias a las citadas intervenciones es uno de los pocos monasterios de la Orden Jerónima cuya edificación perdura.