Las competencias específicas se desarrollan en el plan de estudios a través de los diversos módulos y materias:

• Conocer en profundidad los procesos funcionales químicos complejos desde el nivel molecular con impacto en el medio ambiente y la salud humana.
• Conocer las interacciones y reacciones químicas complejas entre compuestos presentes en el medio ambiente en especial las relativas a la degradación y formación de complejos y aductos que pueden afectar a los seres vivos. 
• Conocer e interpretar las relaciones complejas entre las sustancias químicas presentes en el medio ambiente y aquellas presentes en los seres vivos que pueden producir efectos tóxicos.
• Conocimiento de las técnicas de análisis avanzado y altamente especializadas aplicables a sustancias presentes en el medio ambiente o en los seres vivos y su cuantificación a concentraciones de micro y nano componentes.
• Capacidad de integrar conocimientos de distintas disciplinas para describir, medir, explicar y predecir el efecto de los contaminantes sobre los organismos vivos.
• Conocer la relación compleja entre los procesos productivos y su repercusión en el ambiente y la salud humana.
• Conocer las tecnologías avanzadas de tratamientos para la descontaminación de referencia internacional (BAT y BATNEEC) y conocer como seleccionarlas y aplicarlas. 
• Analizar, interpretar y modelizar los datos toxicológicos, ambientales y epidemiológicos.
• Elaborar y gestionar proyectos multidisciplinares y especializados en Ingeniería y Toxicología Ambiental.
• Elaborar estudios complejos, especializados y multidisciplinares de Evaluación de impacto ambiental de actividades industriales contaminantes .
• Conocer los sistemas de gestión, prácticas, normativas y estándares internacionales avanzados y especializados para la planificación, prevención, control y mitigación de la contaminación y la seguridad y riesgo químico.
• Elaborar, implantar, coordinar y evaluar planes de gestión de residuos peligrosos y realizar la evaluación de riesgo toxicológico de los mismos.
• Gestionar la aplicación especializada del Reglamento Europeo REACH en el seno de las empresas.
• Diseñar, aplicar y evaluar modelos matemáticos QSAR para la predicción de los impactos toxicológicos de las sustancias químicas usadas industrial y comercialmente.
• Diagnosticar y Evaluar los planes de control la calidad del aire y del agua en industrias desde el punto de vista toxicológico aplicando las metodologías analíticas aceptadas internacionalmente. Ser capaz de planear planes especializados avanzados alternativos.
• Identificar y valorar los costes de restitución ambientales mediante métodos internacionalmente aceptados.
• Conocer las herramientas avanzadas de probabilidad y estadística para su aplicación en el análisis de datos procedentes de estudios ambientales especializados, en especial la aplicación a modelos matemáticos predictivos de dispersión y difusión de contaminantes.
• Manejar técnicas cuantitativas avanzadas de análisis de datos en Ingeniería y Toxicología Ambiental mediante el uso de herramientas informáticas homologadas por organismos internacionales.
• Conocer profundamente los efectos y mecanismos de acción mutagénica y de disrupción endocrina de los contaminantes de especial preocupación y de las nuevas sustancias de reciente aparición.